A 2004/2005 éves akadémiai évben beinduló magyar nyelvű programok támogatása fontos tétele volt a KMEI stratégiájának és a magyar nyelvű felsőoktatás-fejlesztésnek a Babeş–Bolyai Tudományegyetemen. A magiszteri programok sikerességének, majd akkreditálásának sikerétől függött, hogy lesz-e a bolognai folyamattal járó oktatási reform eredményeként háromszintű magyar nyelvű felsőoktatás Erdélyben.
E programok fontossága túlmutat a kolozsvári egyetemi központon, hiszen a még nem akkreditált magyar nyelvű magánegyetemi képzések nem indíthatnak magiszteri programokat, így az ott végzettek is a BBTE programjain folytathatják a tanulmányaikat.
A KMEI a Tudományos Tanács döntése értelmében nyilvános pályázati kiírással osztja el a BBTE magyar nyelvű magiszteri programjainak szánt támogatást, amelyben vendégtanárok költségei, kisebb kutatási és terepmunka-költségek és hallgatói ösztöndíj számolható el. Támogatásának nagyságrendjét az előző tanév teljesítménye határozza meg.
Bölcsészettudományi Kar: Magyar nyelvészeti és irodalmi tanulmányok – Egyed Emese
Bölcsészettudományi Kar: Kultúra és társadalom – tradíció és modernitás – Pozsony Ferenc
Földrajz Kar: Turizmus és területfejlesztés – Máthé András
Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar: Marketing Stratégiák és Politikák – Alt Mónika Aletta
Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar: Projektmenedzsment és projektértékelés – Kerekes Kinga
Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar: Vállalkozás Menedzsment – Györfy Lehel-Zoltán
Matematika és Informatika Kar: Számítógépes matematika – Varga Csaba
Matematika és Informatika Kar: Matematikai didaktika – Kassay Gábor
Matematika és Informatika Kar: Informatikai rendszerek optimalizálása – Soós Anna
Politika-, Közigazgatás- és Kommunikációtudományi Kar: Politikai kommunikáció és marketing – Bakk Miklós
Politika-, Közigazgatás- és Kommunikációtudományi Kar: Szociokulturális kommunikáció – Győrffy Gábor Zsolt
Politika-, Közigazgatás- és Kommunikációtudományi Kar: Kommunikációs készségfejlesztés – Kádár Magor
Református Tanárképző Kar: Alkalmazott teológia – Péter István
Református Tanárképző Kar: Teológia – Zene – Nevelés – Molnár János
Szociológia és Szociális Munkás Kar: Közintézetek és nem kormányzati szervezetek vezetésében alkalmazott szociológia – Kiss Dénes István
Történelem és Filozófia Kar: A kulturális örökség kutatása és hasznosítása – Lupescu Mária-Magdolna
Történelem és Filozófia Kar: Jelenkor és nemzetközi kapcsolatok – Tóth Szilárd
Történelem és Filozófia Kar: Alkalmazott filozófiai kutatások – Veress Károly