A kolozsvári Babeş-Bolyai Tudományegyetem magyar nyelvű oktatásának két legnagyobb gondja a specializálódás lehetőségének korlátozottsága, valamint az elitképzés lehetőségének hiánya. Ennek a hiányosságnak a kiküszöbölésére indította a 2004/2005-ös tanévben a Kolozsvári Magyar Egyetemi Intézet a szakkollégiumi programot.
A KMEI az alábbi szakkollégiumok tevékenységét támogatja:
Alkalmazott didaktika Szakkollégium (Pszichológia és Neveléstudományok Kar)
Apáthy István Szakkollégium (Biológia és Geológia Kar)
Balogh Artúr Szakkollégium (Politika-, Közigazgatás- és Kommunikációtudományi Kar)
Cholnoky Jenő Földrajz Szakkollégium (Földrajz Kar)
Entz Géza Szakkollégium (Történelem és Filozófia Kar)
Erdélyi Római Katolikus Státus Szakkollégium (Római Katolikus Teológiai Kar)
Farkas Gyula Szakkollégium (Matematika és Informatika Kar)
Fizika Szakkollégium (Fizika Kar)
Kémia Szakkollégium (Kémia és Vegyészmérnöki Kar)
Közgazdasági Kutató Klub (Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar)
Kriza János Szakkollégium (Bölcsészettudományi Kar)
Láthatatlan Kollégium (Bölcsészettudományi Kar)
MarkeTeam Szakkollégium (Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar)
Márton Gyula Nyelvészeti Szakkollégium (Bölcsészettudományi Kar)
Max Weber Szociológiai Szakkollégium (Szociológia és Szociális Munkás Kar)
Gazdasági Tanácsadó Klub (Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar)
Mikó Imre Jog- és Közgazdaságtudományi Szakkollégium (Jogi Kar, Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar, Sapientia EMTE Jogi Kara)
Pokoly József Szakkollégium (Református Tanárképző Kar)
Kommunikáció-, média- és fogyasztáskutatás szakkollégium (Politika-, Közigazgatás- és Kommunikációtudományok Kar, Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar)
Pósta Béla Szakkollégium (Történelem és Filozófia Kar)
Pro Musica Szakkollégium
Pro Philosophia Szakkollégium (Történelem és Filozófia Kar)
Spectator Média Szakkollégium (Politika-, Közigazgatás- és Kommunikációtudományi Kar)
Történelem Szakkollégium (Történelem és Filozófia Kar)